По результатам учебы на бюджетных местах выплачивается стипендия, размер которой зависит от успеваемости студентов. На сентябрь 2015 года базовый размер стипендии для студентов очной формы обучения составил 2800 рублей в месяц + 15% районный коэффициент. За успехи в учебе и активную общественную работу предусмотрена надбавки к стипендии в размере 50% и 100% от базового размера. Студенты академии могут рассчитывать и на другие формы материальной поддержки. Кроме того, по решению Правительства УР, студенты 1 и 2 курса зооинженерного и агрономического факультетов, успешно сдавшие экзамены, получают дополнительную стипендию в размере 5 000 рублей каждый семестр.